Die Geschichte der Protestanten in Lyon ist verzweigt und verknüpft mit dem Wandel der Stadt selbst. Im 16. Epoche erlebte Lyon eine Aufschwung des Calvinismus, wobei zahlreiche Händler und intellektuelle Persönlichkeiten sich dem neuen Gedanken zuwandten. Diese frühe Präsenz führte zu einer aktiven reformierten Gemeinschaft, die jedoch auch